التلقيح الخلطي بين أصناف الفلفل نسبته عالية وذلك بسبب تركيب الزهرة . لذلك فكثيرا ما تعطي البذور الناتجة من مزرعة الفلفل الحلو نباتات حريفة الثمار لمجرد قربها من مزرعة فلفل حريف، ولذلك فإنه عند إنتاج بذور الفلفل يجب ألا تقل مسافة العزل بين حقول الأصناف المختلفة عن كيلو متر واحد بل وتزداد المسافة عن ذلك بين حقول الأصناف الحلوة والحريفة . كما تزداد المسافة أكثر عند إنتاج بذور الأساس كذلك يجب زراعة النباتات متباعدة حتى يمكن إجراء عملية الانتخاب حيث تنتخب النباتات كثيرة المحصول المطابقة للصنف مع استبعاد النباتات الشاذة والغريبة، ويتم المرور على الحقل مرتان وذلك عند الأزهار مرة ومع بداية نضج الثمار مرة أخرى وذلك للتخلص من النباتات المخالفة في النمو الخضري أو الزهري أو الثمري . تجمع الثمار الجيدة التلوين المكتملة الحجم ويستخرج منها البذور بقطع الثمار بسكين وفصل البذور وتجفيفها في مكان جاف جيد التهوية ثم تنظف وتعبأ